بازخواني حوادث تاريخ صدر اسلام با روش تطبيق تاريخ و سيره رسول الله با قرآن کريم به ما اين امکان را مي‌دهد که پاسخ بسياري از پرسشهاي خود را در آيات وحي بيابيم. ما براي درک صحيح و دقيق وقايع بعد از رحلت پيامبر اكرم ناگزيريم با اين روش، مطالعات تاريخي و علمي خود را مورد بازنگري قرار دهيم چراکه بدون ترديد اکتفا به تاريخي که منطبق با منويات حکام اموي و عباسي نگاشته شده است، چندان نمي‌تواند براي دستيابي به حقيقت راهگشا باشد. از طرفي بسياري از وقايع مهمي که پس از رحلت خاتم الانبيا به وقوع پيوست، با شرايط اطرافيان آن حضرت و مقدمه‌هاي تاريخي پيش از رحلت ايشان، پيوند ناگسستني دارد. بنابراين روش «تاريخ تطبيقي بر مبناي قرآن کريم»، تنها گزينه پيش رو براي دستيابي به اين مهم است.
همه ما کم و بیش از وقوع جنگ بدر و حوادث پیرامون آن، معلوماتی داریم ، اما با دقت در آیات قرآن کریم و آنچه در کتب سیره به عنوان نقل وقایع بدر آمده است و برخی حقایق و ناگفته ها را در این زمینه پی خواهیم برد. هدف علامه شیخ محمد رضا جعفری از طرح این مبحث، بررسی حرکت منافقین در ماجرای جنگ بدر است. و ایشان با تکیه بر آیات قرآن کریم، نظریه افرادی که شرکت کنندگان در بدر را دارای مقام و احترام ویژه می دانند، به نقد می کشند.
کتاب علم امام؛ نقدی بر کتاب شهید جاوید
از سلسله درس گفتارهای علامه شیخ محمد رضا جعفری
تدوین: حسن جهاندیده
کتاب المتعزله
از سلسله مخطوطات علامه شیخ محمد رضا جعفری
تدوین: گروه تدوین و نشر آثار
کتاب بحوث حول الامامة؛ آیة الولایة
از سلسله درس گفتارهای علامه شیخ محمد رضا جعفری
تدوین: گروه تدوین و نشر آثار
کتاب امامت ؛ شفاعت و عصمت
از سلسله درس گفتارهای علامه شیخ محمد رضا جعفری
تدوین: گروه تدوین و نشر آثار
کتاب امامت ؛ بررسی آیات اکمال، تبلیغ و تطهیر
از سلسله درس گفتارهای علامه شیخ محمد رضا جعفری
تدوین: شیخ عبدالامیر محمدی
کتاب امامت ؛ علم امام، منابع و گستره آن
از سلسله درس گفتارهای علامه شیخ محمد رضا جعفری
تدوین: گروه تدوین و نشر آثار
کتاب امامت ؛ معنای امام و ولی
از سلسله درس گفتارهای علامه شیخ محمد رضا جعفری
تدوین: سید حسین حائری
کتاب امامت ؛ بازخوانی حدیث منزلت
از سلسله درس گفتارهای علامه شیخ محمد رضا جعفری
تدوین: سید حسن حائری
کتاب امامت ؛ مبادی کسب ایمان و عقیده
از سلسله درس گفتارهای علامه شیخ محمد رضا جعفری
تدوین: گروه تدوین و نشر آثار