عليرضا هزار
سخن گفتن از توش و توان علمي ـ شخصيتي، شخصيتي بسان ايشان، كه (جهاني بود بنشسته در گوشه‌اي) از نحيفي چون من نه شايسته است و نه بايسته. در اين هنگامه، جناب ابن‌شهرآشوب به خاطرم آمد كه در وقت نگاريدن مناقبش مي‌نويسد: انجام اين مهم درخور من نيست
سيد علي طباطبايي يزدي
استاد جعفري محققي بود كه براي يافتن قرائن تاريخي به منابع كهن با ديدي تيزبينانه و متكي بر منابع دست اول چشم داشت و خود را همچون بسياري از محققان حوزه‌هاي اسلامي، محدود به منابع عربي نمي‌كرد و از اهميت متون كهن فارسي كه هر چند به نسبت اندك‌اند، غافر نبود.
علي رضوي:
هنوز دههٴ دوم عمر را به پايان نرسانده بودم كه دست نيكوي تقدير حق جلّ جلاله من و دوستاني چند را با خانه‌اي آشنا كرد در محلّتي نيك‌نام (اسم خيابان بود؛ نه وصفش!). درِ چوبي فرسوده‌اي در كوچه‌ٴ اتّحاد با قامت مردي آشنا بود كه به زودي، او را شناختيم
حسين درگاهي
او فرمايش رسول اكرم را وَجه و وِجهِٴ زندگي خود قرار داده بود كه فرمودند: إني تارك فيكم الثقلين كتاب الله و علي بن أبي طالب و إن علي بن أبي طالب... او ذهن و دل خود را با آن دو عجين كرده بود؛ با آنان زندگي مي‌كرد: به آنان مي‌انديشيد؛ با آنان مي‌انديشيد؛ همه چيز را با آنان مي‌سنجيد؛ و دربارهٴ آنان گفتگو مي‌كرد. و از عهدهٴ اين كار به خوبي برمي‌آمد.
حسن انصاري
به طور كلي به اعتقاد نويسنده اين سطور محقق جعفري از معدود دانشمندان شيعي در چند صد ساله اخير بود كه آراي ويژه كلامي و اعتقادي خاص خود داشت و ضمن آنكه به شدت در قالب سنت مي‌انديشيد و سخت نيز گرايش ولايي / شيعي داشت، اما در عين حال آراي نويي داشت و گرايشات فكري او در پي اشتي دادن سنت و تفكر مدرن و مواجهه روشن و بي‌هراس با واقعيت دنياي مدرن بود.