استاد شیخ محمد رضا جعفري (رحمه الله)داراي تحقيقات و دست نوشته هاي گسترده و ارزشمند مي باشند که تمامي آنها را به بنياد اهدا فرمودند، این دست نوشته ها که بیش از 20 هزار صفحه را شامل می شود، هم اینک مراحل آماده سازي برای چاپ را طی می کنند.
برخي عناوين تحقيقات به قرار زير است:
• الفرق و المذاهب و النحل:(الاسماعيليه، المعتزله، الکراميه، الاشاعره، الزنادقه، الخوارج، المرجئه، الزيديه،)
• متکلموا الاماميه: (هشام بن حکم، محمد بن علي بن نعمان، ابن ميثم)
• تراجم: (الطبري، المفيد)
• متکلموا السنه،
• الامام المجتبي عليه السلام،
• الامام زين العابدين عليه السلام،
• المناقب و المثالب، حول بعض الصحابه و التابعين و ائمه المذاهب،
• تاريخ التثقيف الامامي،
• توحيد المشرکين،
• احاديث المهدي (عج) و المهدويه،
• شعراء المناقب،
• تحريف القرآن عند اهل السنه
• تعليقات علي اصول الکافي،
• حديث الوهابيه،
• المختار من مسند احمد بن حنبل،
• آيه الولايه،
• آيه الاکمال،
• معني الولي،
• الازهار المقتطفه،
• المذکرات،