بنیاد جعفری در راستای اهداف خود اقدام به برگزاری چهار دوره آموزشی پژوهشی نموده است. دانش پژوه پس از گذراندن  دوره آموزش در طول سه سال، موفق به دریافت  دانش نامه می گردد و به دوره پژوهش راه می یابد. مهم ترین موضوعاتی که در این دوره آموزش داده می شود عبارت است از:
تاریخ تحلیلی اسلام و نقش ائمه علیهم السلام در إحیاء دین (تحقیقات مرحوم آیت الله جعفری)
 امامت تحلیلی (تحقیقات مرحوم آیت الله جعفری و تحقیقات آیت الله شیخ محمد سند)
امامت در قرآن (تحقیقات استاد محمدرضا فریدونی)
نقد قرآنی شبهات وهابیّت ایرانی همچون قلمداران و برقعی و ...  (تحقیقات استاد محمدرضا فریدونی)
 سیاست بنیاد در بخش آموزش، اهتمام به آموزش پژوهش گرا  و نیز اهتمام به شناسایی نخبگان و زمینه سازی پرورش محقق، مدرس است.

« معرفی دوره آموزشی عمومی »
ماده 1) تعریف
این دوره، دوره ای آموزشی و مطالعاتی است که دانش پژوه پس از گذراندن آن و دریافت دانش نامه، پس از گزینش معاونت های پژوهشی یا فرهنگی به دوره های تخصصی راه می یابد.

ماده 2) اهداف (شناختی، تربیتی، مهارتی)
1-    توسعه و تعمیق شناخت نسبت به معارف اعتقادی قرآن و آشنایی با علوم قرآنی
2-     توسعه و تعمیق شناخت نسبت به معارف اعتقادی اهل بیت علیهم السلام و آشنایی با علوم حدیث
3-    توسعه و تعمیق شناخت نسبت به علم کلام و تاریخ کلام
4-    توسعه و تعمیق شناخت نسبت به مسائل تاریخ اسلام
5-     شناخت و نقد انحرافات و شبهات اعتقادی
6-     افزایش توان تحلیل، تحقیق و آماده سازی مطالب و آموزش مهارتهای لازم

ماده 3) سیاست ها
1-    اهتمام به تعالی معنوی و اعتقادی دانش پژوهان و تقویت روحیه دفاع از عقاید شیعه
2-    تأکید بر روشهای قرآنی در آموزش
3-     اهتمام به آموزش پژوهش گرا و افزایش فعالیت های کلاسی
4-    تأکید بر پویایی برنامه های آموزشی و کاربردی نمودن آن
5-     اهتمام به شناسایی و پرورش نخبگان
6-    زمینه سازی پرورش محقق، مدرس، مبلّغ