معاونت پژوهش بنیاد فرهنگ جعفری با انگیزه برگزاری دوره های آموزشِ پژوهش برای فارغ التحصیلان خود، آغاز به کار نموده است. این دوره ها با هدف آموزش و تقویت نیروی متخصص در روش های پژوهش گری و نقد متن و همچنین افزایش توان تحلیل، تحقیق و نگارش پژوهشگران برگزار می شود. به این امید که این متخصصین در عرصه تبیین و گسترش باورها و ارزش های اعتقادی، تعمیق و تولید دانش و معرفت امامتی و صیانت از اندیشه و فرهنگ امامت در جامعه تشیع فعال شوند.
امامت و ولایت محوری بر اساس معارف قرآن و مکتب اهل بیت علیهم السلام اصل اساسی این معاونت بوده و تعهدات و اصول عملکردی آن از این قرار است:
1. اهتمام به شناسایی، جذب و پرورش نخبگان
2. اهتمام به فعالیت های گروهی به جای فعالیت های فردی
3. اهتمام به پژوهش استاد محور
4. اهتمام به کاربردی نمودن پژوهش ها و نیاز سنجی در موضوعات مربوطه
5. اتکاء به نیروهای فاضل، خلاق و مستعد
برنامه ها
تشکیل 4 کارگروه تخصصی استاد محور، در موضوعات:
1- تاریخ اسلام
2- تاریخ کلام
3- امامت روائی
4- مباحث قرآنی
دو گروه تاریخ اسلام و تاریخ کلام ضمن آشنائی عمیق با آراء و نظریات مرحوم علامه شیخ محمدرضا جعفری، به بحث و ارائه مقاله پیرامون این نظریات خواهند پرداخت. دو گروه امامت روائی و مباحث قرآنی نیز به طور غیر مستقیم از تعالیم و آثار آن مرحوم بهره مند هستند.