بنیاد جعفری در راستای اهداف خود اقدام به برگزاری چهار دوره آموزشی پژوهشی نموده است. دانش پژوه پس از گذراندن دوره آموزش در طول سه سال، موفق به دریافت دانش نامه می گردد و به دوره پژوهش راه می یابد. مهم ترین موضوعاتی که در این دوره آموزش داده می شود عبارت است از:
تاریخ تحلیلی اسلام و نقش ائمه علیهم السلام در إحیاء دین (تحقیقات مرحوم آیت الله جعفری)
امامت تحلیلی (تحقیقات مرحوم آیت الله جعفری و تحقیقات آیت الله شیخ محمد سند)
امامت در قرآن (تحقیقات استاد محمدرضا فریدونی)
نقد قرآنی شبهات وهابیّت ایرانی همچون قلمداران و برقعی و … (تحقیقات استاد محمدرضا فریدونی)
سیاست بنیاد در بخش آموزش، اهتمام به آموزش پژوهش گرا و نیز اهتمام به شناسایی نخبگان و زمینه سازی پرورش محقق، مدرس است.
