کتابخانه بنیاد فرهنگ جعفری، با حدود سی هزار عنوان کتاب به عنوان بازوی اصلی معاونت پژوهش و تأمینکننده منابع علمی مورد نیاز طلاب و پژوهشگران، نقشی حیاتی در پیشبرد اهداف علمی این موسسه ایفا میکند. این مجموعه، ریشه در میراث گرانسنگ حضرت آیتالله شیخ محمد رضا جعفری (رحمهالله) دارد؛ کتابخانهای که در ابتدا شخصی بوده و پس از آن، توسط ایشان، وقف بنیاد فرهنگ جعفری گردید.
به دلیل این پیشینه، کتابخانه بنیاد از منابع قدیمی، کمیاب و بسیار ارزشمندی برخوردار است. دقت کمنظیر و دامنه وسیع تحقیقات آیتالله جعفری (ره) در حوزههای مختلف علوم اسلامی، باعث شده تا این مجموعه، گنجینهای از کتب نایاب و مرجع برای پژوهشگران باشد.
در سالهای اخیر گامهای مؤثری در جهت ارتقای این کتابخانه برداشته شده است:
- فهرستنویسی و ساماندهی: حدود ۳۲۰۰ عنوان کتاب جدید فهرستنویسی و در دسترس پژوهشگران قرار گرفته است.
- تأمین مالی و خرید منابع: بیش از 150عنوان کتاب به مجموعه افزوده شده است.
- همکاریهای بینکتابخانهای: با رایزنیهای انجامشده با برخی کتابخانههای معتبر در قم,بیش از ۵۰۰ جلد کتاب به عنوان هدیه به کتابخانه بنیاد اهدا گردید.
- عضویت کتابخانه مرحوم علامه شیخ محمدرضا جعفری(ره) در مکتا(مجمع کتابخانه های تخصصی استان قم)

