کتابخانه بنیاد زیر مجموعه معاونت پژوهش بوده و به عنوان تامین کننده منابع علمی مورد نیاز، به طلاب و پژوهشگران خدمت رسانی می کند. این کتابخانه در ابتدا کتابخانه شخصی جناب ایت الله شیخ محمد رضا جعفری رحمه الله بوده که بعدا توسط ایشان به همراه سایر اموال، وقف بنیاد فرهنگ جعفری گردیده است.
به همین جهت این کتابخانه دارای منابع قدیمی و کمیاب فراوانی است و با توجه به دامنه تحقیقات فراوان و دقت کم نظیر ایشان، از کتابهای بسیار ارزشمندی برخوردار است.
متاسفانه برای مدتی طولانی این کتابخانه به صورت لازم به روز رسانی نشده است و به همین دلیل برخی از منابع جدید مورد نیاز در اختیار پژوهشگران قرار ندارد.
در سال جاری حدود ۳۲۰۰ عنوان کتاب فهرست نویسی شده است.
در همین راستا تصمیم گرفته شده است که ماهیانه تعدادی از کتابهای لازم برای کتابخانه خریداری شود که با توجه به قیمت بالای کتاب، تا رسیدن به سرمنزل مقصود فاصله زیادی است.
در همین راستا از ابتدای سال جاری تاکنون مبلغ ۲۰.۰۰۰.۰۰۰ ریال به کتابخانه اختصاص داده شده است که نتیجه آن اضافه شدن 57 عنوان (در 245 جلد) کتاب به کتابخانه بوده است
همچنین با رایزنی ها و ارتباطاتی که با بعضی کتابخانه های دیگر در قم برقرار گردید، تعداد 500 جلد کتاب به عنوان هدیه دریافت شد.
