بنياد فرهنگ جعفري با الطاف الهي و عنايت امام عصر ارواحنا فداه و اهتمام برخي نيک انديشان و دلسوزان مکتب اهل بيت عليهم السلام در سال 1383 فعاليت خود را آغاز نموده است. اين بنياد هدف خود را تقويت و ترويج مباني و معارف مکتب جعفري اثني عشري و پاسخ گويي به شبهات معاندان نسبت به تشيع به ويژه در حوزه امامت و ولايت و پيرايش تاريخ اسلام از زنگار تحريف قرار داده است. براي دستيابي به اين مهم، هيئت امناي بنياد از حضرت آيت الله شيخ محمد رضا جعفري (رحمه الله) تقاضا نمود که جهت نظارت و پشتيباني علمي اين حرکت به قم مهاجرت نمايند. موافقت و استقبال ايشان که همراه با انتقال ميراث علمي ايشان به اين بنياد صورت گرفته است، سرمايه اصلي مرکز را در آغاز فعاليت خود تشکيل داده است. تحقيقات وسيع و بديع ايشان، گستره هاي مختلفي مانند تاريخ، تفسير، کلام، رجال، حديث، فرق و مذاهب را در بر مي گيرد.