در دوره کارورزی افراد در یک رشته علمی خاص و تحت اشراف یکی از اساتید برگزیده با قواعد و اصول پژوهش آشنا می‌شوند.

در کنار برنامه های هر گروه که توسط استاد گروه اجرا می‌شود، یک سری کلاس ها و کارگاه های تکمیلی نیز جهت بهبود سطح علمی افراد برگزار می شود:

در حال حاضر دومین دوره کارورزی در بنیاد در حال برگزاری است

دوره فعلی در ابتدا با 19 دانش پژوه شروع به کار کرده است که در پایان سال اول، بعد از اخذ مقاله از کلیه دانش پژوهان و بررسی پرونده علمی سال گذشته؛ از میان آنها یازده نفر برای ادامه دوره پذیرفته شدند.

گروه های کارورزی فعلی:

امامت کلامی: حجه الاسلام و المسلمین حاج سید علی روحانی

تاریخ کلام: حجه الاسلام دکتر سید حسن طالقانی

تاریخ اسلام: حجه الاسلام دکترعبدالهادی اعتصامی

معارف قرآنی: حجه الاسلام روح الله روحانی

امامت تبیینی:  آقای علیرضا فرج پور

همچنین در جهت پیشرفت علمی بیشتر دانش پژوهان، در سال جاری کارگاه های مختلفی برگزار شده است.

1. دوره پاراگراف نویسی
2. دوره مقاله نویسی
3. اموزش نرم افزارهای اسلامی
4. منبع شناسی در علوم اسلامی
5. آشنایی با نسخ خطی و نحوه استفاده از آنها در تحقیقات (در حال برگزاری)