گروه های علمی، مسئولیت های مختلفی را بر عهده دارند و قرار است پیشرفت علمی بنیاد را رقم بزنند.
لذا در کنار یک وظیفه اصلی که همان پژوهش و تحقیق بوده که ماحصل این پژوهش ها و تحقیق ها به صورت اثر مکتوب اعم از مقاله، کتاب و … منتشر شده و یا آماده انتشار است.
در حال حاضر دو گروه معارف قرآنی و امامت تبیینی با هفت پژوهشگر در بنیاد فعال هستند که تمام این افراد کسانی هستند که در بنیاد فرهنگ جعفری آموزش دیده اند و بخش زیادی از تحقیقات توسط رایانه و نرم افزارهای مختلف انجام گرفته و فرایند تالیف و نوشتن نیز، در رایانه انجام میگیرد.
در بخش گروههای علمی، فقط یک دستگاه رایانه توسط بنیاد دراختیار پژوهشگران است و به همین دلیل معمولا افراد بر روی لب تاب های شخصی اقدام به تحقیق و تالیف می کنند.
همچنین در روند تولید مقالات و طرح های پژوهشی اساتید زیر به عنوان مشاور و راهنما به اعضاء گروه های علمی کمک می‌کنند:
